Fyziologické choroby jsou vyvolávány něživými činiteli, kteří ovlivňují v negativním smyslu životní pochody rostliny. Bývá to buď nadbytek, nebo nedostatek světla, příliš vysoká nebo příliš nízká teplota, nadbytek nebo nedostatek vody, nevhodný poměr živin, vysoká koncentrace půdního roztoku a poškození postřiky nebo plyny.
Na letničkách a dvouletkách se projevují nejčastěji chlorózou, zasycháním listů a opadáváním poupat. Některé z těchto příznaků vznikají jako důsledek jen jediné přesně definované příčiny, častěji se však objevuje určitá fyziologická choroba vzniklá vzájemných nevhodným poměrem vegetačních faktorů, tj. světla, tepla, vody a živin.
Například opadávání poupat hrachorů se vyskytuje nejčastěji na rychlených hrachorech, které trpí nedostatkem světla (v zimě je tedy nutno je přisvětlovat!), někdy je však příčinou této choroby příliš vysoká vzdušná vlhkost (nedostatečné větrání) nebo příliš vysoká teplota, popřípadě náhlý pokles teploty, přemokření půdy nebo přehnojení dusíkatými hnojivy.
Fyziologické vadnutí rostlin se vyskytuje nejčastěji v uléhavých půdách, když se utvoří na povrchu škraloup a po zálivce za teplého počasí se pak rostliny podpaří.